南京军区总医院坚持人性化的管理理念，形成了严格的质量管理体系，不断强化基础医疗护理质量，努力创新服务，拓展优质服务范围，敢于探索，不断推出创新举措。实行科主任任期目标管理和末位转岗制，高级技术职务晋升“打擂台”，科室主任、护士长竞争上岗；设立了著名专家门诊；先后建立8个以疾病链为纽带的单病种诊治中心、43个专病门诊诊治中心；率先推行了学科带头人和学术带头人双轨并行及科主任助理制度；实行干部病区分专科收治；开设伤口护理中心。并积极运用现代科技管理手段，大力推进医院信息化建设，站在科学管理的高度，利用信息化手段再造医院服务流程和就医环境，使医疗环节更简、诊疗流程更顺，就医环境更佳、服务质量更优。开展远程医疗和教学，并自主开发了“南京总医院网”、“南京总医院医学信息网”、“南京总医院博士后科研工作站网”和“中国博士后论坛网”，建有科室网站47个、专家个人网站232个。
南京军区总医院整体医疗技术水平较高，尤其是心肺脑复苏，肾小球疾病的诊断和治疗，慢性肾衰的中西医结合治疗，小肠移植、肠外瘘的治疗，全肠外营养的研究和应用，脑垂体移植、心脏移植、复杂心脏病的手术治疗等，临床药效学、药动学的研究及应用，自体干细胞骨髓移植，应用全血脂吸附方法进行血脂净化，子宫内膜异位症的研究和男性不育症的中西医结合治疗，肝炎病理和心脏病理的研究、临床免疫的研究和男性病实验室诊断等都取得了显著成效。医院注重医疗技术引进、创新，先后成功完成了亚洲首例肝、肠联合移植，应用CRRT技术成功抢救受到胡总书记关注的严重多脏器功能衰竭的“抗非”护士锁玉。2004年，肾脏科肾移植手术人、肾存活率均达100%，居国际领先水平，被入选“中国医药科技十大新闻”肾穿刺成功率达99%。在国际上首次报道肠粘膜干细胞移植技术治疗放射性肠炎的动物实验获得成功；创造性建立系统治疗重症胰腺炎的新模式，肠内外营养走入家庭，开出国内第一辆家庭营养治疗车。经过二十多年努力，探索出一套有效地治疗慢性顽固性便秘的手术治疗方案，已成功治疗来自全国各地的70余例患者。创造性提出适用于肠外瘘不同阶段的治疗技术，疗效和例数具世界先进水平。成功施行国内首例淀粉样变性自体造血干细胞移植，建立国内第一个脑血管病注册网。
南京军区总医院承担大专生、本科生、硕士生、博士生、博士后全系列教学、临床带教和人才培养任务，我院是十多所高等医学院校的教学医院，内科学、外科学为博士学位授予权学科，在全国医院系统首家设立“博士后科研工作站”，拥有博、硕士生导师137名,博士后联系导师25名，已出站博士后29名，已培养博士、硕士研究生353名，每年接受军内外实习生、进修生600余人次。医院高度重视医学科技创新人才的开发和临床技术水平的提高，“十五”期间直接投入科技创新达1000余万元，为医院科技创新工作的持续发展，打下良好基础。“十五”期间医院共获得国家、军队、地方等省级以上科研课题91项，资助经费总额达1385万元。获得省部级（军队）科技成果奖101项，其中一等奖5项、二等奖39项。
近年来，南京军区总医院以全面建设、重点突破、提高层次、扩大影响、真情回报社会为发展思路，瞄准“军内领先、国内一流、与国际接轨的现代化医院”的建设总目标，以党的创新理论成果为指导在实践中不断创新理念，创新机制，坚持以“以人为本，科技争先，质量一流，服务至上”的医院精神，恪守“厚德、精业、创新、至善”的医院院训，实施创“南总品牌”和打造“名医、名科、名院”战略，医院建设呈现协调发展、整体推进、稳步上升的良好势头,先后被评为全国“百佳医院”、全国“拥政爱民模范单位”、全国“城市医院文化建设先进单位”、全国“博士后工作站先进单位”、全军“为部队服务先进医院”、全军“营房工程建设先进单位”、南京军区“2001-2004年医德医风建设先进医院”，连续4次被评为南京军区“培养人才先进单位”。
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