对任何尿石患者的诊断都应包括：有没有结石，结石的数量，结石的部位，结石可能的成分，有无合并症及结石形成的原因，只有弄清了上述这些问题之后，才算得到了一个完整的诊断。
1.病史 由于尿石症是多因素的疾病，故应详细询问病史，应尽量详细地了解职业，饮食饮水习惯，服药史，既往有无排石的情况及有无痛风，原发性甲状旁腺功能亢进等病史，具体包括：
②药物，主要了解服用可引起高钙尿，高草酸尿，高尿酸尿等代谢异常的药物；
③感染，尿路感染，特别是产生尿素酶的细菌的感染可导致磷酸镁铵结石的形成；
⑤全身疾病，原发性甲状旁腺功能亢进，肾小管酸中毒(RTA)，痛风，肉状瘤病等都可以引起尿石症；
⑥遗传，如肾小管酸中毒(RTA)，胱氨酸尿，吸收性高钙尿等都有家族史；
⑦解剖，先天性(肾盂输尿管交界处梗阻，马蹄肾)和后天性(前列腺增生症，尿道狭窄)的尿路梗阻都可以引起尿石症，髓质海绵肾是含钙结石患者中最常见的肾结构畸形；
⑧既往的手术史，肠管的切除手术可引起腹泻，并引起高草酸尿和低枸橼酸尿。
一般情况下，肾结石患者没有明确的阳性体征，或仅有轻度的肾区叩击痛，肾绞痛发作时，患者躯体屈曲，腹肌紧张，脊肋角有压痛或叩痛，肾绞痛缓解后，也可有患侧脊肋角叩击痛，肾积水明显者在腹肌放松时可触及增大的肾脏。
1.胆结石 胆结石可致胆绞痛，易与右侧肾绞痛相混淆，胆结石合并有胆囊炎时，可出现右上腹部持续性疼痛，阵发性加剧，墨菲征阳性，右肋缘下有时可有触痛并随呼吸移动的肿大胆囊，或边界不清，活动度不大而有触痛的被大网膜包裹的包块，胆结石病人尿常规检查一般正常，B超检查可以确定诊断。
2.肾结核 肾结石合并有梗阻和感染时应与肾结核相鉴别，肾结核往往有慢性顽固的膀胱刺激症状，经一般抗生素治疗无明显效果;尿中有脓细胞，而普通尿培养无细菌生长;有时伴有肺结核或肾脏的小结核病灶;膀胱镜检查可见充血水肿，结核性结节，结核性溃疡，结核性肉芽肿和瘢痕形成等病变，在膀胱三角区和输尿管开口附近病变尤为明显，输尿管口常呈洞穴状，有时见混浊尿液排出;钙化型肾结核在平片可见全肾广泛钙化，局灶性者在肾内可见斑点钙化阴影，肾结核造影的早期X线表现为肾盏边缘不整齐，有虫蛀样改变，严重者可见肾盏闭塞，空洞形成，肾盏肾盂不规则扩大或模糊变形。
3.海绵肾 海绵肾的发病率为1/5000，患者的肾髓质集合管呈囊状扩张，大体外观如海绵状，70%病例存在双侧肾病变，每个肾脏有1个至数个乳头受累，本病出生时即存在，但无症状，通常到40～50岁因发生结石或感染合并症才被发现，集合管扩张造成长期的尿液滞留，加上经常合并的高尿钙症，是发生结石和感染的原因肾小管浓缩和酸化功能常受损，腹部平片可见肾脏大小正常或轻度增大，肾区内可见成簇的多发性结石(在乳头区呈放射状排列)，静脉肾盂造影见到的髓质集合管呈扇状囊状扩张为诊断本病的依据。
4.肾盂肿瘤 肾盂肿瘤多为乳头状瘤，良性与恶性之间常无明显界限，转移途径与肾癌相同;由于肾盂壁薄，周围淋巴组织丰富，所以常有早期淋巴转移，该病多在40岁以后发生，男性多于女性，早期表现为无痛性血尿，但无明显肿块;晚期因肿瘤增大，造成梗阻时可出现肿块，尿沉渣检查有时可见肿瘤细胞，血尿时膀胱镜检查可见患侧输尿管口喷血，在造影片上有充盈缺损，需与透X线结石鉴别，CT和B超可协助鉴别。
5.胆道蛔虫症 肾结石病人出现肾绞痛时，应与胆道蛔虫病进行鉴别，胆道蛔虫主要表现为剑突下阵发性钻顶样剧烈绞痛，其特点为发作突然，缓解亦较迅速，疾病发作时，病人常辗转不安，全身出汗，甚至脸色苍白，四肢发冷，并常伴有恶心呕吐，呕吐物可含胆汁甚或蛔虫，发作间歇期，疼痛可完全消失，有时疼痛可放射至右肩部或背部，B超可明确诊断。
6.急性阑尾炎 右侧肾结石病人出现肾绞痛时，应注意与急性阑尾炎进行鉴别，转移性右下腹痛是急性阑尾炎的特点，70%～80%的病人，在发病开始时感觉上腹疼痛，数小时至十几小时后转移至右下腹部，上腹部疼痛一般认为是内脏神经反射引起，而右下腹痛则为炎症刺激右下腹所致，急性阑尾炎的腹部体征表现为右下腹有局限固定而明显的压痛点，当腹痛尚未转移至右下腹前，压痛已固定在右下腹，这在诊断上具有重要意义，若症状不典型或阑尾位置异常，应参考其他症状体征进行鉴别，如一时难以确诊，应严密观察，全面分析，以减少误诊。
7.急性胰腺炎 腹痛是急性胰腺炎的主要症状，腹痛常开始于上腹部，但亦可局限于右上腹或左上腹部，视病变侵犯的部位而定，如胰头部病变且合并胆道疾患，除右上腹痛外，可向右肩或右腰部放射;炎症主要侵犯胰尾时，上腹疼痛可向左肩背部放射，疼痛的性质和强度大多与病变的程度一致，水肿性胰腺炎多为持久性疼痛，可伴有阵发性加重，多可忍受;出血或坏死性胰腺炎则多为刀割样剧痛，不易为一般镇痛药所缓解，严重者可发生休克，根据病史，体征及血，尿淀粉酶的测定，多数急性胰腺炎的诊断一般可以确立。
8.卵巢囊肿蒂扭转 肾结石女性病人出现肾绞痛时应注意与卵巢囊肿蒂扭转相鉴别，卵巢囊肿蒂扭转的典型症状为突然发生剧烈腹痛，甚至发生休克，恶心，呕吐，妇科检查发现有压痛显著，张力较大的肿块并有局限性肌紧张，如果扭转发生缓慢，则疼痛较轻，有时扭转能自行复位，疼痛也随之缓解。
9.淋巴结钙化 若位于肾区内，可误诊为肾结石，淋巴结钙化为圆形颗粒状致密影，内部不均匀，且多发，散在，静脉尿路造影片加侧位片有助与肾结石区别。
10.其他 肾结石还应与其他引起腰背痛，腹痛的有关疾病进行鉴别，如宫外孕破裂，胃炎，胃溃疡等疾病。
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