新辅助化疗的主要目的是追求短期内肿瘤降期以提高手术切除率，同时尽量减少对患者身体及脏器功能的影响以减少围手术期并发症，因此应选择高效低毒的联合化疗方案，避免选择单药。可考虑的方案包括ECF(1级推荐)及衍生方案ECX、EOX、EOF(2A推荐)，氟尿嘧啶类药物(包括卡培他滨)联合顺铂或奥沙利铂(2A推荐)或联合紫杉烷类(2A推荐)等。
MAGIC试验开创了进展期胃癌围手术期化疗的新模式，即新辅助联合辅助化疗：手术前后各接受3周期ECF方案化疗，与单纯手术治疗组相比，联合治疗组无病生存期明显延长，5年生存率有明显提高，无复发转移风险下降34%，死亡风险下降25%。 研究显示新辅助化疗可以降低局部进展期胃癌T、N分期，提高手术根治率，围手术期化疗可以改善长期生存率。ECF方案也因此成为胃癌围手术期化疗的推荐方案。
对于术前新辅助化疗建议化疗6周就要进行疗效评价，有效患者应根据分期和患者对治疗的反应决定手术时机。如达到目的，应尽早手术，化疗停止3-4周手术为佳。
多项META分析证实胃癌术后辅助化疗比较单纯手术可延长生存减少复发。一般主张术后只要各脏器功能基本恢复正常，应尽早进行术后辅助化疗，最好能在术后4周左右开始，不宜超过8-12周，如超过3月可能难以带来生存益处。疗程时限由于没有循证医学依据，部分专家建议沿用结肠癌的经验，以6月为宜。
对于辅助化疗方案应根据患者的病理分期、手术方式、高危因素、体力状况、伴随疾病等进行选择，主要包括ECF(2A推荐)，氟尿嘧啶类药物(包括卡培他滨)联合顺铂或奥沙利铂(2A推荐)、联合紫杉烷类(2B推荐)、卡培他滨单药(2B推荐)等。对于T3-4/N0-2M0患者，尤其是具有高危因素或者手术不规范者，应尽量采取两药甚至三药的联合方案进行辅助化疗。
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