肠病毒肠炎：主要是小儿秋季腹泻。轮状病毒、诺瓦克病毒、腺病毒的发现，加深了临床对腹泻的认识：病毒病原约占儿童腹泻病原的50％以上。目前引发肠道感染的细菌主要有霍乱、o139、埃希氏大肠杆菌etec、eiec、epec，特别是由ehec的o157h7引起的肠外继发溶血性尿毒综合征的发生率和病死率均较高。
医院内耐药菌引起的腹泻：此类腹泻已不罕见，多由绿脓杆菌、阴道肠杆菌、耶尔森菌、沙门菌等引起。这些细菌部分对抗生素耐药，治疗比较困难。对此类腹泻要依照药敏检测选用抗菌药治疗，同时应作好消毒隔离工作，以切断传染途径。
抗菌药相关腹泻：此类腹泻，特别是艰难梭状芽孢杆菌肠炎，多由抗生素滥用导致。因抗生素滥用引起的腹泻与其它类型的腹泻在诊断和治疗上有所不同，预后欠佳。
aids等免疫力低下者腹泻：其特点是感染多由沙门菌、真菌、寄生虫隐孢子虫等一些条件致病原引起，临床表现不典型，可以不发热，易引起败血症、脓肿等感染，且经久不愈。姜素椿教授指出，对自身免疫功能受损而引起的感染主要依靠抗菌药物控制，甚至终生用药治疗。
旅行腹泻：随着我国旅游事业的发展，我国流动人口迅速增多，因地区变更、生活规律变化而导致的旅游腹泻，更因人口流动而得以扩散、传播。
弧菌感染腹泻在患者粪检结果发现，弧菌的感染呈上升趋势。另外据统计，我国沿海地区的弧菌感染率普遍高于内地。这与海产品摄入有关。
肠道感染的抗菌治疗误区
一、用药多，检查少。当患者自觉有肠道感染类似症状如腹痛、腹泻等时，往往自行服用黄连素或氟喹喏酮、头孢菌素类药物，而不去接受正规的诊治，更鲜见粪常规检查及细菌培养药敏试验。其结果是对病毒感染及ct型肠炎也用上了抗菌药，诱导了细菌耐药性的发生。
二、联合用药多，依药敏用药少。目前在社区肠道感染中，绝大多数病原菌对氟喹喏酮、头孢类药物及磷霉素等敏感性好。但由于治疗中缺乏药敏试验依据，出现了用药不当的现象，如不选肠道抗菌药，而选用青霉素、氨基糖苷等药，而且是两种甚至3、4种抗菌药合用，这不仅没有必要，而且还会加速耐药的发展。
三、疗程不规范。如对伤寒的治疗至少需要7～10天，如果刚用药3天，仅看到炎症得到控制、症状得到缓解就停药，患者的病情就有可能复发，或使其病情呈慢性化，还可使其胆囊带菌，成为传染源。
此外，由于旅行者流动性大，发病后难以进行粪检，更不易做到细菌培养，导致传染机会增多。不少人主张旅行者应预防用药，但不应普遍使用抗菌药来预防腹泻，因为这可造成人体正常生态菌群紊乱，甚至造成严重细菌感染发生；可能发生抗生素不良反应，如皮疹、光敏性皮炎，胃肠反应等；可增加细菌的耐药性，并有可能通过旅游使耐药菌传播。
旅行者的相关预防性用药应限于个别情况，如发现可能进食了污染食品；有胃肠疾病基础如低胃酸、crohn病、溃疡性结肠炎等。目前人们正在开发轮状病毒、etec、霍乱等疫苗。今后，人们有希望依旅游目的地、季节而选择应用口服疫苗来预防旅游腹泻。
目前，肠道传染病仍属于常见病，我国在对此类疾病的用药方面还存在不少问题。当前对肠道传染病的治疗重点应是抗菌药与病机治疗的合理使用，而治疗细菌性腹泻的经验用药以氟诺沙星为首选。
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