中医传统三黄有分工：黄芩清上焦之火，黄连清中焦之火，黄柏清下焦之火。具体地说，黄芩泻肺咽喉之火，黄连泻脾胃之火，黄柏泻肾膀胱之火。有些书上也是这么写的。这基本上是对的，指明了用药的大方向。但这是不全面的。
这里先谈黄连。《本草纲目》记载，黄连不但能清泻本脏之心火，还能治疗肝胆之
实火虚火，能治上、中、下三焦之火，能治气分、血分之火.湿热、食积之火，只是加工的方法不一样。书中记载：[时珍日]黄连人手少阴心经，为治火之主药，治本脏之火，则生用之;治肝胆之实火，则以猪胆汁炒;治肝胆之虚火，以醋浸炒;治上焦之火，则以酒炒;治中焦之火，则以姜汁炒;治下焦之火，则以盐水炒;治气分湿热之火，则以茱萸汤浸炒;治血分块中伏火，则以干漆末调水炒;治食积之火，则以黄土研细调水和炒。 黄连泻上焦心火，泻中焦脾胃湿热之火，泻下焦肝胆之火，这是公认的。泻三焦之火是否包括肺火和肾火呢?《本草纲目》上没有明说。中医传统上确实很少用黄连治疗肺火和肾火之病症。《本草正义》说黄连能泄降一切有余之湿火，而心、脾、肝、肾之热，胆、胃、大小肠之火，无不治之。提到了清肾火，但还是没有提到清肺火。 黄连是《本草纲目》中附方最多的一味药，计有75方。说明古代使用得非常广泛。其所治病症绝大多数为感染性疾病，并以消化系统病症为多，并遍及全身各个部位。也有少量的其他病症，如消渴尿多等。但没有一张是治疗有关肺病和肾病的附方。
由于黄连的抗感染作用，近代治疗肺结核、肺脓疡、肺霉菌感染、百日咳等肺部感染性疾病等都是有报道的。中医临床一般对肺支气管感染性疾病，黄连习惯上是不用的，关键是对肺部感染的效果不是很好。
泌尿系统感染中医辨证下焦湿热，黄连是常用的，并且常与黄柏同用。
黄连传统多用于治疗热病温病、腹泻痢疾、疮疡疖肿以及心慌、心悸、失眠、冒痛、消渴、口疮等病症。
黄连是中医传统中使用得最早、最广泛的清热解毒药、抗感染药。用于各种细菌、病毒等感染性疾病，尤其对急性胃肠炎、急性菌痢效果最好。
由于感染性疾病的复杂性和普遍性，古代曾制定了大量的清热解毒的复方，以增强疗效。在当前抗菌生素广泛使用的情况下，中药只有在特定的情况下才会使用。黄连的复方能增效和改善病情。
黄连素(小檗碱)是从十大功劳等植物中提取的，与黄连的作用大致上是一致的，但并不能取代黄连的全部功能，包括抗病原体作用。在许多疾病的治疗中，口服黄连素片不及黄连复方煎液的疗效好。
黄连治疗各种慢性胃肠道疾病在古代就有许多良方，如泻心汤、左金丸、香连丸、戊己丸、黄连理中丸等，至今还在慢性胃十二指肠炎症、溃疡和慢性肠炎的治疗中广泛使用。这些配方非常合理，既消除了炎症，又调节了胃肠功能，因此，对胃痛、腹泻有很好的疗效，不比西药差，而且没有副作用。如果在剂型上加以改进，使服用、携带更加方便就更受欢迎了。
左金丸中黄连、吴茱萸同用，中医称辛开苦降、辛开苦泄。黄连苦寒与吴茱萸辛温同用，称寒热反佐。黄连理中丸黄连、炮姜同用，也是苦寒与辛温同用，寒热温凉反佐。既能消除炎症，又能解痉止痛和抑制渗出。
1.治疗心病黄连能治疗各种慢性心脏疾病，与玉竹、鬼箭羽、吴茱萸同用以强心，治疗冠心病、病毒性心肌炎和免疫性心肌损害之心动过速、早搏、T波改变。
2.治疗肝胆病黄连与柴胡、黄芩、广郁金等配合，可保肝利胆，治疗慢性肝炎、慢性胆囊炎、慢性胰腺炎。
3.治疗泌尿道感染对肾盂肾炎、膀胱炎、尿道炎等急慢性泌尿道感染性疾病清化下焦湿热，中医习惯上使用黄柏为多，但黄连也是使用的。
4.治疗消渴症黄连治疗消渴症是中医的传统。《本草纲目》消渴尿多有4个附方，其中有三方是单味黄连，一方是黄连、栝蒌根、地黄汁、牛乳，制丸。后《本草备要》记载：单用能治消渴。
对轻症糖尿病以及服用泼尼松引起的脂质代谢紊乱血糖血脂轻度升高者，在复方中加用黄连或服用黄连素片，可控制血糖和降糖降脂。对于较重的病人可与降糖药和降脂药同时服用。
对免疫病的治疗，黄连与生地、黄芩同用，以清热、抑制免疫、抗过敏;与生石膏、知母、生地同用，以治疗免疫病发热和干燥综合征并发腮腺炎;与土茯苓、黄芩同用以治疗口腔溃疡;与徐长卿、焦决明同用，以治疗葡萄膜炎;与地肤子、生地、青蒿同用以治疗皮疹、红斑;黄连有促进唾液分泌作用，与生地、鲜芦根、生石膏同用，可改善口干等。
有许多中药剂量稍大或长期服用会出现胃肠道反应。甘寒助湿呆胃，苦寒损脾滑肠。有的药引起胃痛、食欲减退;有的药引起便稀、次数增多。原有的疾病还必须继续治疗。这种情况，加用黄连可以保护胃肠功能，以免长期服药而影响脾胃。
胃的问题在复方中可加用黄连、吴茱萸、佛手、白豆蔻等;滑肠问题可加用黄连、炮姜、芡实、木香等。这是由于黄连既调节了胃肠功能，又抑制了肠液分泌。中医所谓的燥湿功效。其配伍诸药加强了黄连的作用和效果。
前有《名医别录》记载黄连调胃厚肠益胆，后有《本草备要》记载黄连益肝胆厚肠胃。这是什么意思呢?是否是针对肝胆不健，肠胃薄弱?黄连是否可以长期服用，以使消化系统更加健康?
《本草纲目》明确提出黄连泻火，是治病用的。慢性胃肠道疾病和慢性肝胆疾病的病人，都有消化道症状。长期少量服用黄连，确可有益于肝胆，并能使脾胃虚弱纳少便稀的病人食欲增进、大便变得稠厚，这就是益肝胆厚肠胃的意思。但还需与吴茱萸、炮姜等温药同用，以寒热平衡。而不是长期单用黄连。如果长期单用黄连，也会有许多副作用。
《本草纲目》上有一段对久服黄连是有益还是有害，能否得道成仙的争论，很有趣味，故转录于此。李时珍认为长期服用黄连是有害的，反对黄连能长生成仙之说的，并指明长期服用黄连，泻火耗气，只能损伤正气，使人短寿夭折。并且举出了久服黄连损人的病例。反映了《本草纲目》是坚持了唯物主义思想的。如书中记载： [时珍日]《本经》、《别录》并无黄连久服长生之说，惟陶宏景言道方士久服长生。《神仙传》载封君达、黑穴公，并服黄连五十年得仙。窃谓黄连大苦大寒之药，用之降火燥湿，中病即当止，岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎?我明荆端王素多火病，医令服金花丸，乃芩、连、栀、柏四味，饵之数年，其火愈炽，遂致内障丧明。观此则寒苦之药，不但不能使人长生，久则气增偏胜，速天之由也。当以《素问》之言为法，陶氏道书之说，皆谬谈也。
这也说明了黄连不是补药，是不宜长期服用的。其益肝胆厚肠胃之说，也是针对慢性疾病治疗而言的。
结语：黄连没有什么毒性，长期服用也问题不大，但是很多闲太苦，我们在食用的时候可以加些大枣等甜性的东西，抵消它的苦味。
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