对衣原体和溶脲脲原体感染，需要经过细菌培养、分离并观察到相应的衣原体和溶脲脲原体菌落，这是最可靠的确诊方法。 而不是简单地看到培养基变色，因为一些杂菌也含有脲酶，亦可以使培养基变色。

非淋菌性尿道炎是完全可以治愈的，但应正规治疗。应遵循及时足量、规则用药的原则，根据不同病情、药物敏感试验结果等，合理选用相应的抗生素治疗。治疗非淋菌性尿道炎以四环素类、大环内酯类药物为主，阿奇霉素、美满霉素是近年来常用的治疗本病的药物，它们的疗效较四环素高，有效率约90%以上。磺胺类、利福平对衣原体有效，对支原体无效。庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。孕妇及儿童不宜用四环素、强力霉素、喹诺酮类药物，可选用红霉素。

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