肉芽肿性前列腺炎的发病与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是首要因素，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内异物，激发肉芽肿性炎症反应。肉芽肿性炎症可能是局限的，也可能累及整个前列腺。炎症缓解慢，约需2～3个月的时间，局部被纤维结缔组织替代，质地发生变化。
Stillwell(1987)将肉芽肿性前列腺炎按病因分为4类：
2.经尿道术后或针吸活检后 占24%。经尿道手术包括TUR-P和TUR-Bt，半数在术后6个月内发病。
3.特异性 占3%。病原微生物包括细菌、结核菌、布氏杆菌、梅毒螺旋体、病毒及真菌等。其中膀胱肿瘤电切术后灌注卡介苗并发肉芽肿性前列腺炎受到广泛重视，作为膀胱灌注卡介苗的并发症其发病率为0.9%～1.3%，仅次于膀胱炎和发热的发病率。也有人对膀胱灌注卡介苗的患者之前列腺进行病理检查，发现本病的发病率实际上很高(41%～75%)。从开始灌注到发现本病平均约1年时间(3～25个月)。
4.系统性肉芽肿病 占3%,为累及全身多器官的肉芽肿性疾病在前列腺局部的表现，包括过敏性肉芽肿病(Churg-Strauss综合征)和Wegener肉芽肿病。前者常与多器官肉芽肿和哮喘有关，因肉芽肿内有明显嗜酸细胞浸润故又称嗜酸细胞性肉芽肿性前列腺炎。后者为遗传性疾病，多合并呼吸道肉芽肿及脉管炎。
前列腺大体标本表面可呈结节状，切面呈结节分叶状，部分腺体有小囊腔，或可见灰白色致密区域。所有肉芽肿性前列腺炎中，结节性和弥漫性病变分别占40%和60%。
肉眼可见小而坚韧的黄色颗粒状结节。镜检有丰富的非干酪性肉芽肿(有或没有中心液化坏死)，这些肉芽肿局限在腺泡周围区，亦可广泛地侵及整个腺体，病变充满上皮样细胞，以组织细胞的泡沫样细胞占优势，易和癌细胞混淆。前列腺泡可被密集的分叶核粒细胞和嗜酸粒细胞浸润所取代，腺管常常扩张破裂，充满炎症细胞，病变早期可以有极度水肿，为除外特异型肉芽肿性反应，需行酵母菌、真菌和结核菌染色。
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