有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。而现代人生活紧张、精神压力大，口腔溃疡也成为一种因生活形态导致的文明病，事实上，根据医生的临床观察，口腔溃疡患者有许多是在过度疲劳后发病的。
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80~90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50~60%患病。
最近医学界经过临床及免疫研究，已确定其病原为病毒感染，而导致口腔溃疡的两种病毒分别为人类巨细胞病毒和ER病毒。其中人类巨细胞病毒潜伏在血液中的T淋巴细胞，ER病毒则潜伏在血液中的B淋巴细胞，人们一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足、免疫力差等，病毒就会发作。
医学研究也发现，这类病毒属于原发性病毒，人类感染后即存在体内，藏在表皮下的血管中，并在细胞核中繁殖。当身体免疫系统异常时，如感冒会激活潜伏在体内的病毒，这些病毒会特别活跃，溃疡也会明显恶化。
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%~48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
荷尔蒙的改变引起口腔溃疡，尤其是女性经期和更年期。女性患者往往在月经期长口疮，可能与体内雌激素量下降有关。另外一些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。
如果口腔溃疡反复发作，持续数年甚至十几年未愈，非常有可能与食物不耐受有关。
食物不耐受指的是一种复杂的变态反应性疾病，人的免疫系统把进入人体内的某种或多种食物当成有害物质，从而针对这些物质产生过度的保护性免疫反应，产生食物特异性IgG抗体，IgG抗体与食物颗粒形成免疫复合物（Ⅲ型变态反应），可引起所有组织（包括血管）发生炎症反应，并表现为全身各系统的症状与疾病。YORK营养学实验室曾经做过一项研究，他们对2567个怀疑有食物不耐受的英国人进行了调查研究，有44%的人出现慢性腹泻、腹痛、溃疡、消化不良。其中溃疡的最主要表现就是口腔溃疡。
如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。体内超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失调及总体水平下降可引发口腔溃疡。微循环障碍致血流速度慢，血液流量低，毛细血管静脉端管径扩张，造成局部缺血、缺氧从而引起黏膜膜损伤，溃疡形成。血清中缺锌、缺铁、高铜等与RAU的发生有一定相关性。有报道称戒烟亦可诱发口腔溃疡。牙膏中的成分12-烷硫酸钠（SLS）可能刺激黏膜，诱发口腔溃疡。
老是口腔溃疡的人一定要多吃富含维生素B1、B2、C的新鲜蔬果，另外注意补充微量元素锌，这些是有助于溃疡面愈合的食物，对防治口疮也有好处。
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