(1)感染：是较为严重的合并症。尤其是椎间隙感染给病人带来的痛苦很大，恢复时间长，一般感染率为14%左右。主要表现是：原有的神经痛和腰腿痛症状消失，5～14天后发生剧烈的腰痛伴臀部或下腹部抽痛和肌肉痉挛，不能翻身，痛苦很大。
(2)血管损伤：腰椎间盘突出症手术时血管损伤，主要发生在经后路手术摘除椎间盘时造成。若经前路腹膜内或腹膜外摘取椎间盘时，由于暴露腹主动脉和下腔静脉或髂总动、静脉，反而不易误伤这些大血管。血管损伤的原因，多系用垂体钳过深地向前方摘除椎间盘组织，结果组织钳穿过前侧纤维环，钳夹大血管后造成血管撕裂伤。
(3)神经损伤：腰椎间盘突出时，受压神经根本身即因椎间盘组织的压迫，髓核物质的化学性刺激而充血、水肿、粘连等呈不同程度的神经损伤，因此在手术后，可有神经症状较前加重的可能，有的则是因手术操作而引起的神经损伤。神经损伤可分为：硬膜外单根或多根神经损伤、硬膜内马尾神经或神经根损伤、麻醉药物损伤。
(4)脏器损伤：腰椎间盘摘除时，单纯脏器损伤少见，几乎均是血管损伤时伴有其他脏器损伤，如输尿管、膀胱、回肠、阑尾等。
(5)腰椎不稳：在行腰椎间盘切除术的一部分病人中，坐骨神经痛消失而腰痛持续存在，其中一些原因是由于腰椎不稳，表现在腰椎前屈时出现异常活动。所以对于腰痛症状严重的，在功能性运动腰椎摄片时，有明显脊柱异常活动的病人，应行脊柱融合术，解决脊柱不稳定所致的腰痛。
(6)脑脊液瘘或脊膜假性囊肿：多由于经硬膜内手术，硬膜缝合不严，或硬膜切口处不缝合而用明胶海绵覆盖硬膜切口处。脑脊液瘘多在术后第3～4天时发生，除应用大剂量抗菌素及保持切口敷料干净外，局部采取加压包扎措施，即在更换敷料后，将其四周及中央用宽胶布加压固定，约2～3天后可停止。硬脊膜假性囊肿多在术后几个月内出现腰腿痛，在手术处或腰骶部有球形囊样物与硬膜粘连。肿物囊壁薄而发亮，呈粉红色，肿物边缘增厚，肿物有微孔和椎管由硬膜下腔相通。压迫囊样肿物，可引起坐骨神经痛。发现脊膜囊样肿物应防止破溃引起蛛网膜下腔感染，并应行硬膜修补术。术后卧床取头低足高位7～8天，待硬膜修补处愈合。手术效果良好。
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