肾结石结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水，结石性梗阻常为不完全性梗阻，有的结石表面有小沟，尿液可沿小沟通过;有时结石虽较大，甚至呈铸状结石，但尿仍能沿结石周围流出，也可能在长时间内不引起积水，肾盂壁纤维组织增生变厚时，则扩张表现不明显。
肾结石发生梗阻由于发病缓急不同，其临床表现有很大差异，尽管最终均可引起肾盂积水，但临床不一定以肾盂积水为主要表现，肾盂积水有时无任何临床症状，部分病例直到肾盂积水达严重程度，腹部出现肿物和肾功能不全，甚至无尿时才被发现。
小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状结石可使肾盏，肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡，纤维组织增生，中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化，移行上皮细胞长期受结石刺激后，可发生鳞状上皮细胞化生，甚至可引起鳞状上皮细胞癌，因此应做尿脱落细胞学检查，尽管尿脱落细胞异常不一定能使之确诊，但从中可获得尿路上皮细胞发生异常改变的提示，对于长期存在的肾盂或膀胱结石都要想到上皮细胞癌变的可能，手术时应取活体组织送快速冰冻切片检查。
有无感染对肾结石的治疗和防治有重要意义，尿路感染病人临床表现为发热，腰痛，尿中出现脓细胞，尿培养有细菌时，应同时做药敏试验。
结石合并感染时，可加速结石的增长和肾实质的损害，在结石排出或取出前，这种感染很难治愈，可发生肾盂肾炎，肾积脓，肾周围炎，严重者甚至可发展为肾周围脓肿;与腹膜粘连后，可穿破入肠管，显微镜下可见肾间质炎症，细胞浸润和纤维化，肾小管内有中性粒细胞和上皮细胞，后期出现肾小管萎缩和肾小球硬化。
肾结石在合并尿路梗阻时，尤其是双侧尿路梗阻或在此基础上合并严重感染，病人可出现肾功能不全，当梗阻解除和(或)感染得到有效控制，部分病人，肾功能可好转或恢复正常。
判断肾功能的方法除检测血清尿素氮，肌酐和内生肌酐清除外，还可采用静脉肾盂造影术并根据造影剂排出的时间，浓度加以判断，B超虽可了解尿路扩张情况和肾实质的厚度，但判断肾功能较为困难，静态或动态核素扫描或摄像可提供有价值的线索，因为梗阻和肾损害随结石移动部位的变化，以及治疗的不同阶段而发生的变化，所以肾结石病人需要随诊监测，尤其动态扫描了解肾实质的情况，当结石排出后，或在引流后，这种检查可对预后或进一步处理提供依据。
钙质在肾组织内沉着，多发生于有高血钙患者，原发性甲状旁腺功能亢进，肾小管酸中毒和慢性肾盂肾炎患者，可有肾钙质沉淀，钙质主要沉淀在髓质内，病变严重时，全部肾实质都可有钙沉着，导致间质纤维化，肾小球硬化和肾小管萎缩。
肾结石肾盂肾炎的肾组织萎缩后可为脂肪组织所代替，肾脏维持其原形但普遍缩小，肾包膜与肾的表面紧密粘连，肾组织萎缩而硬化，严重病例所剩肾组织极少，甚至完全消失，肾实质与肾盂肾盏间为灰黄色的脂肪组织所填充。
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