1.结肠癌的鉴别诊断主要是结肠炎性疾病，如肠结核，血吸虫病，肉芽肿，阿米巴肉芽肿，溃疡性结肠炎以及结肠息肉病等，临床上鉴别要点是病期的长短，粪便检查寄生虫，钡灌肠检查所见病变形态和范围等，最可靠的鉴别是通过结肠镜取活组织检查。
阑尾周围脓肿可被误诊为盲肠癌(结肠癌)，但本病血象中白细肠及中性粒细胞增高，无贫血，消瘦等恶病质，作钡灌肠检查可明确诊断。2.直肠癌往往被误诊为痔，细菌性痢疾，慢性结肠炎等，误诊率高达60%～80%，其主要原因是没有进行必要的检查，特别是肛门指诊和直肠镜检查。
3.结肠其他肿瘤如结肠直肠类癌，瘤体小时无症状，瘤体长大时可破溃，出现极似结肠腺癌的症状;原发于结肠的恶性淋巴瘤，病变形态呈多样性，与结肠癌常不易区别，均应作组织涂片活检来鉴别之。
在肛肠科诊疗过程中，通过指诊发现直肠黏膜外肿块是比较常见的事，由于黏膜外肿块不像直肠癌那样直观，良恶性一时也难于鉴别，因此常易误诊，直肠黏膜外肿块其起源复杂，可来自于黏膜外肠壁组织或肠外组织，根据病变性质这些肿块可分为3类：
②恶性肿瘤(包括原发和转移)，如平滑肌肉瘤，恶性淋巴瘤，畸胎瘤，胃癌种植转移等;
③炎性肿块或其他良性增生，如痔疮注射治疗后组织反应性增生或机化，结核性病性肉芽肿等。
以直肠黏膜外肿块为首发症状者较少，多数是以直肠会阴部症状而发现的，这些症状与直肠癌症状又极为相似，所以如果是单纯凭指诊结果往往与直肠癌相混淆，尤其是肿瘤突破直肠黏膜者，全面地询问病史，对诊断有一定帮助，腔内B超可确定肿块大小及范围，对判别肿块来源也有帮助，对于较大的肿块或来自骶骨的肿瘤，CT或MRI可了解肿瘤的占位情况及破坏情况，有一部分肿瘤来自于胃肠肿瘤的转移，应注意寻找原发病灶，如胃镜，钡餐等，肿块活检是惟一的确诊手段，活检应在良好的麻醉下进行，松弛肛门括约肌，切开黏膜层，在明视下切取肿块组织，一次活检失败后可多次重复，多数病例可获得确诊。
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