1999年本中心肿瘤学成为广东省重点学科，2001年成为国家重点学科。2001年成为“国家抗肿瘤药物临床试验研究基地(GCP中心)”，2005年成为华南肿瘤学国家重点实验室。
本中心还是世界卫生组织癌症研究合作中心。2003年与美国排名第一的M.D.Anderson癌症中心结为姐妹医院，与日本、法国、英国、瑞典等世界先进的癌症防治机构亦有合作和交流。
目前世界上用于肿瘤诊断和治疗的方法如手术、放疗、化疗、介入、免疫、基因生物及中医中药等治疗手段在本院一应俱全。其中鼻咽癌诊治水平及5年生存率达国际先进水平。食管癌、肝癌、肺癌、大肠癌及妇科等癌瘤的诊治居国内一流水平。为进一步提高医疗质量，本院于1998年在全国率先推出肿瘤单病种首席专家负责制，形成肿瘤综合治疗规范，并根据每一位病人的病情及实际情况，确定最优的治疗方案，争取最好的治疗效果。
肿瘤研究所是我国较早建立的癌症防治研究机构。研究所自成立以来，在研究肿瘤的发病机理和肿瘤诊断治疗的同时，侧重于全面地开展鼻咽癌的防治研究工作。特别近年来,以科研为龙头,与临床紧密结合,科研工作取得了令人瞩目的成就。
从1983年起，先后承担“六·五～十·五”国家科技攻关计划，国家杰出青年科学基金资助项目，国家“863”计划，国家“973”项目，国家自然科学基金重大项目，美国CMB基金等资助的科研任务，获国家和省部级科研成果奖近百项。
此外，中心的鼻咽癌诊治实验室被省科委确定为广东省重点实验室，肿瘤相关基因与抗肿瘤药物研究室被国家教育部确定为重点实验室，内科被国家科委确定为国家新药临床试验研究中心。中心自行研制开发的低溶点铅挡块技术、适形照射技术，已被广泛应用于病人的放射治疗，并开展了适用于个体化疗体内和体外的药物敏感性试验及抗辐射性药物的研究。
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